นับแต่เริ่มเกิดสงครามโลกครั้งที่สองในปี พ.ศ. 2482 การติดต่อทางวิชาการระหว่างคนไทยกับโลกภายนอกยุติลง เราไม่สามารถส่งนักเรียนออกไปศึกษาต่อในต่างประเทศ นักเรียนไทยเป็นจำนวนมากตกค้างอยู่ในต่างประเทศจนสิ้นสุดสงคราม หลังจากสงครามสิ้นสุดลงในปี พ.ศ. 2488 คนไทยเริ่มรู้สึกว่าวิชาการต่างๆ ได้เจริญรุดหน้าอย่างรวดเร็ว หลังจากนั้น 2-3 ปี คนไทยจึงมีโอกาสเดินทางไปศึกษาต่อในต่างประเทศที่ไปศึกษาวิชาคณิตศาสตร์โดยตรงคงมีเป็นจำนวนน้อย แต่ก็มีเป็นจำนวนมากที่ไปศึกษาวิชาที่ต้องใช้ความรู้เกี่ยวกับคณิตศาสตร์สมัยใหม่เป็นส่วนประกอบ ท่านเหล่านี้ได้ศึกษาวิชาคณิคศาสตร์แขนงใหม่ เช่น ทฤษฏีของเซต พีชคณิตนามธรรม โทโพโลยี การโปรแกรมเชิงเส้น และทฤษฏีของเกม เป็นต้น หลังจากเดินทางไปศึกษาติดต่อกันหลายต่อหลายรุ่น เมื่อสำเร็จการศึกษาก็ทยอยเดินทางกลับ นับวันก็มีผู้สนใจในวิชาคณิตศาสตร์ทวีจำนวนมากขึ้น

ในขณะนั้น สมาคมวิทยาศาสตร์แห่งประเทศไทยในพระบรมราชูปถัมภ์ได้ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2490 มีการออกวารสารวิทยาศาสตร์รายเดือนเผยแพร่ความรู้ทางวิชาการ และได้กระทำติดต่อกันมาจนทุกวันนี้ ในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2499 ได้มีการจัดตั้งสาขาคณิตศาสตร์ขึ้น ในสมาคมวิทยาศาสตร์แห่ง ประเทศไทยฯ โดยมี ศาสตราจารย์ เสนาะ ตันบุญยืน เป็นประธานสาขา ใน พ.ศ. 2499 นี้ สาขาคณิตศาสตร์ได้ออกวารสารคณิตศาสตร์เป็นจำนวน 5 เล่ม จัดพิมพ์เป็นหนังสือ 8 หน้ายก ขนาดเดียวกันกับวารสารปัจจุบัน มีความหนาประมาณ 10 ยก หรือ 80 หน้า ได้จัดให้มีการสอบแข่งขัน วิชาคณิตศาสตร์ระหว่างนักเรียนในระดับมัธยมศึกษาตอนต้น ชิงถ้วยและเงินรางวัลของยุวสมาคมแห่งประเทศไทย ผลปรากฏว่าคะแนนยอดเยี่ยมประเภทบุคคล ได้แก่ นายธงชัย ยงเจริญ โรงเรียนเบญจมบพิตร ได้เงินรางวัล 1,000 บาท คะแนนยอดเยี่ยมประเภทโรงเรียน ได้แก่ทีมโรงเรียนเซนต์คาเบรียลได้รับถ้วยเงินเป็นรางวัล ต่อมามีสมาชิกมองเห็นความสำคัญของคณิตศาสตร์ และมองเห็นความจำเป็นที่จะต้องขยายงานออกไปเพื่อทันกับความก้าวหน้าทางวิชาการได้ จึงขอแยกตัวออกจากสมาคม วิทยาศาสตร์แห่งประเทศไทย และตั้งสมาคมคณิตศาสตร์แห่ง ประเทศไทย ขึ้นเมื่อวันที่ 23 พฤษภาคม พ.ศ. 2500 ผู้ริเริ่มจัดตั้งสมาคมคณิตศาสตร์ ได้แก่ ศาสตราจารย์เสนาะ ตันบุญยืน ศาสตราจารย์ พันเอก ดร. พร้อม พานิชภักดิ์ และนายเอื้อ บัวสรวง ได้ขอแยกออกจากสมาคมวิทยาศาสตร์ฯ โดยมีคณะกรรมการบริหาร ของสมาคมคณิตศาสตร์ฯ ชุดแรก ประกอบด้วย คณะกรรมการ 21 ท่าน มีศาสตราจารย์เสนาะ ตันบูญยืน เป็นนายกสมาคม อาจารย์ ปราณีต เจาฑะเกษตริน เป็นเลขาธิการ